Orzeczenia Kolegium zapadają po przeprowadzeniu rozprawy lub na posiedzeniu niejawnym. Jeżeli przepisy szczególne nie stanowią inaczej, orzeczenia kolegium wydawane są w formie decyzji albo postanowień.

Kolegium orzeka w składzie trzyosobowym, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej.
Składowi orzekającemu przewodniczy Prezes, Wiceprezes lub inny etatowy członek Kolegium.

Kolegium wydaje orzeczenia po odbyciu niejawnej narady składu orzekającego, obejmującego dyskusję oraz głosowanie nad orzeczeniem i zasadniczymi motywami rozstrzygnięcia. Sprawę przedstawia członek Kolegium wyznaczony jako jej sprawozdawca.

Orzeczenia zapadają większością głosów. Członek składu orzekającego nie może wstrzymać się od głosu. Członek składu orzekającego, który został przegłosowany, ma prawo zgłosić przy podpisywaniu orzeczenia zdanie odrębne, uzasadniając je na piśmie w terminie 7 dni od odbycia narady. Orzeczenia Kolegium podpisują wszyscy członkowie składu nie wyłączając przegłosowanego.

Przy orzekaniu członkowie składów orzekających Kolegium są związani wyłącznie przepisami powszechnie obowiązującego prawa.

Kontrolę orzecznictwa Kolegium sprawuje Sąd Administracyjny.

Do wykonywania przez Kolegium zadań stosuje się przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego oraz Ordynacji podatkowej, z uwzględnieniem przepisów ustawy o samorządowych kolegiach odwoławczych.

W szczególności kolegium jest uprawnione do:

1. żądania niezbędnych dla wydania orzeczenia informacji i dokumentów dotyczących działalności organów jednostek samorządu terytorialnego,
2. wglądu w dokumentację związaną z załatwieniem spraw.
3. przetwarzania danych osobowych w celu realizacji ustawowych zadań, chyba że osoba, której dane dotyczą, nie wyrazi na to zgody.

W przypadku stwierdzenia istotnych uchybień w pracy organu jednostki samorządu terytorialnego, Prezes Kolegium wydaje postanowienie sygnalizacyjne, którego odpisy przekazuje organowi jednostki samorządu terytorialnego i, odrębnie, komisji rewizyjnej odpowiednio rady gminy, powiatu oraz Wojewodzie.
Postanowienie sygnalizacyjne stanowi podstawę do wszczęcia postępowania dyscyplinarnego w stosunku do pracowników samorządowych, jeżeli ich działanie lub zaniechanie jest przyczyną powstania uchybień w pracy organu jednostki samorządu terytorialnego.
Właściwe organy powiadamiają Kolegium w terminie 30 dni o zajętym stanowisku.